Kam se obrátit při podezření, že zaměstnavatel nedodržbuje zákoník práce?

Na příslušný inspektorát bezpečnosti práce.

Doporučuji nejprve písemně vyzvat zaměstnavatele, aby vám doložil podrobnosti ke způsobu výpočtu vaší mzdy za konkrétní měsíce.
(§ 142/4 zákoníku práce)
http://busines­s.center.cz/bu­siness/pravo/za­kony/zakonik-prace/cast6h7.aspx

Teprve když vám zaměstnavatel do stanoveného dne neodpoví nebo jeho odpověď bude zjevně nesprávná či jinak zavádějící, tak se obraťte na Oblastní inspektorát práce.

V této souvislosti odkazuji na obdobnou otázku (viz zdroj), kde jsem ve své odpověděi uvedl další detaily k této problematice.

btw. Písemnou výzvu můžete uplatňovat pouze za sebe…, ale doporučuji, abyste se s ostatními kolegy dohodli a obdobnou výzvu podal každý z nich samostatně a v jeden společný okamžik.

Ještě k vaší druhé části otázky o netečnosti přímého nadřízeného: zde pomůže jedině oficiální ´stížnost´ adresovaná zaměstnavateli, tedy statutárnímu zástupci firmy.

Zdroj: http://www.od­povedi.cz/otaz­ky/zamestnava­tel-mi-nezaplatil-vyplatu

Máte-li u zaměstnavatele odborovou organizaci,potom by měla být sjednána kolektivní smlouva. Vaši zástupci by měli zjistit skutečnost a jednat za Vás se zaměstnavatelem. Když odbory nemáte,můžete se obrátit přímo na příslušný odborový svaz. Určitě poradí. A mají i bezplatné poradenství, i pro nečleny odborů.