Z jakých konkrétních důvodů některé menší obchody neberou stravenky, když drtivá většina ostatních menších obchodů ano?

Stravenky je nutné vyměňovat za peníze. Je na zvážení každého obchodníka, zda mu marže dostatečně kryje tyto náklady.

Provozovatelé obchodů nejsou nijak povinni přijímat stravenky místo peněz. A jestliže to jejich obchodní strategii nevyhovuje, neberou je.
http://www.frau­.cz/jake-stravenky-bere-albert-tesco-globus/

Protože pro obchodníka s tím jsou spojeny náklady. Obchodník si sám zváží, jestli se mu to vyplatí.

Při směně stravenek zpět na peníze, nedostane obchodník celou sumu, ale o nějaké procento méně. Každá firma odebírá své stravenky někde jinde. Vznikají tím obchodníkům další náklady a pokud chci brát stravenky, musím mít s distribuční firmou smlouvu. Pokud je to v malé míře, obchodníkovi se to nevyplatí.

Ta otázka by měla být formulována opačně:

Z jakých důvodů přijímají některé obchody platbu stravenkami, které jsou
primárně určeny k pořízení k úhradě teplého jídla ve stravovacím zařízení?

(Z této formulace je zřejmá odpověď na Vaši otázku.)