Můžu si jako právnická osoba opravovat se souhlasem majitele pronajatou budovu?

Jistě že můžete. Pokud to je malý technický zhodnocení (píšete „opravovat“, ale zároveň o výměně oken – předpokládám tedy, že jste měnila za lepší, tedy to není oprava), šup do nákladů, jestliže to je nad 40 tisíc, budete to odepisovat.
Existuje ovšem jakejsi předpis, že to vždycky záleží, jak je to ujednaný ve smlouvě, neboli jak se dohodnete s pronajímatelem. Jak jste řekla, pronajímatel s tím souhlasí, takže bych z toho klidně vyšla a udělala to tak, jak jsem napsala.

Finanční úřad to většinou neuzná, protože se jedná o investici do cizího majetku.